就在曹操在銅雀台大宴群臣的時候，曹操還做出了一個決定，這個決定讓曹操一下子名聲臭了起來，後來經過三國演義的渲染，成了曹操一生最嚴重的污點，和曹操殺呂伯奢、屠徐州、殺娘娘一樣，被千人唾、萬人罵。這件事是什麼，那就是曹操殺死了神醫華佗。
本來這件事可以避免，畢竟曹操和華佗是老鄉，都是沛國譙郡(今安徽亳州)人，至今家鄉還把兩個人的塑像立在最顯眼的市中心，一個是醫國良相，一個是蓋世神醫，就連鄉民也不知道曹操為什麼要殺死神醫，在老百姓的意識裡，你殺死給我們辛辛苦苦的還病的醫生，你就是壞人，因此長期以來，曹操在老家名聲也不太好。
那麼曹操為什麼要殺死華佗呢，其實有多方面的原因。
先介紹一下華佗，華佗這個人是個醫生，世人都知道他擅長針灸，又發明了「麻沸散」，世人也知道，他是健康養生的創始人之一，他設計的「五禽戲」，早已家喻戶曉，但世人不知，其實華佗並不喜歡當醫生，早年還有鯤鵬之志，華佗曾以醫生為恥，他想做一方官吏，因此曾經歸隱，那時沛相陳珪(陳登的父親)曾推究他為孝廉，太尉黃琬也曾讓他做幕僚，可是華佗皆不就，不是他不想去，而是官職太低，華佗想著做更大的。畢竟華佗也是才富五車，讀書萬卷。因此待價而沽，希望能有人賞識他。不過偏偏命運對他不曾眷顧，華佗因為醫術比較好，別人只是把他當成個醫生，甚至他的老鄉曹操也是如此，當年曹操做大司空的時候，和華佗關係不錯，曾經多次請華陀來治偏頭疼，但是曹操以為華佗有神仙之表，況且當時華佗的年齡也太大了，眉毛鬍子全白了，好多士兵都叫他老神仙，也不會在意官職的大小，就沒給他提在朝廷上做官，甚至沒讓他做太醫。華佗一直耿耿於懷，因此就曾忤逆過曹操。
於是雙方發生了幾件事，讓曹操有了殺華佗的心思：
其一，曹操的小兒子曹沖，是曹操最喜愛的，當得病的時候，華佗不在身邊，正在青州徐州一帶給老百姓看病，曹沖害病，曹操好多人給華佗送去雞毛信，但華佗置若罔聞，還有人說華佗不來，是因為華佗眷戀著自己的小老婆，當時華佗的年齡那麼大，這讓曹操非常惱火，認為華佗太不識抬舉。
其二，曹操在赤壁遭到大敗，很大程度上是因為士兵發生瘟疫，曹操曾多次派人去請華佗，可是華佗始終沒到，偶爾來過一次，但是藥方沒帶來，華佗向曹操請假回家去拿，但一去杳無音信，有人說老夫少妻郎情蜜意，卿卿我我，曹操因此很惱火。
其三，曹操再一次犯頭疼病，華佗就讓他用冷水洗頭，並且頭疼病最嚴重的時候，華佗對曹操說，可以劈開頭顱，認真檢查，這樣可以除根，曹操認為華佗是想要他的命，因此漸漸對華佗動了殺機。
於是把華佗押進了監獄，當然罪名是貽誤軍機，按律當斬。曹操首席謀士參謀荀彧大聲為華佗申辯，說曹丞相要殺死華佗，必定在歷史上留下壞名聲，曹操鄙夷的看了看荀彧，此時對荀彧也充滿了厭倦，說道：法律對事不對人，絕不能因人而異，誰犯了國法，都應該嚴懲。於是堅決地下令，把華佗給殺掉，有人說華佗死在了監獄。
不管怎麼樣，曹操殺死了華佗，這讓後人無法原諒，尤其是在曹操的老家，去華祖庵的人總比去曹操紀念館的人多。