看過《三國演義》的朋友都知道，在演義中，曹操打算出師討伐劉備，繼而進攻東吳。孔融在朝堂上點破曹操的狼子野心。曹操一怒之下，拿孔融祭旗，隨後率大軍出征。
這是虛構。
歷史上，沒有曹操出征拿孔融祭旗這一說。不過，有一點是毋庸置疑的——那就是孔融的確是被曹操所害。曹操不僅殺掉他，還將他的妻兒老小全部誅殺。
孔融是個什麼樣的人?一提到他，就想起典故「孔融讓梨」，4歲就知道把大個兒的梨子讓給別人，客人笑稱他為神童。
是夠神的，保不齊大個兒的梨子有蟲，所以讓給你。
孔融吃過虧嗎?他吃虧大了。也是因為有才，愛顯擺。這一點從他寫文章以議論為主可以看出來。孔融文章的內容大多為伸張教化，宣揚仁政，薦賢舉能，評論人物，多針對時政直抒己見，頗露鋒芒，個性鮮明。
可是，在曹操手下當差，顯擺才華的下場基本都不好，孔融算一個，楊修算一個，禰衡不算，那是玩半裸秀打嘴仗的，見到禰衡您就算看到不要臉本人了。瞧人徐庶多機靈，一言不發，透著沉默是金。
實際上，孔融也是個義士。怎麼呢?在他16歲的時候，為了挽救被朝廷宦官迫害的張儉，與哥哥孔褒爭相犧牲生命。這一事件，使孔融天下聞名。
《後漢書·孔融傳》記載，漢獻帝劉協興平二年(公元195年)，劉備舉薦42歲的孔融為青州刺史。
時隔一年，也就是建安元年(公元196年)，袁紹之子袁譚攻打青州，孔融逃出青州。
後來，孔融輾轉到曹操手下。曹操這人比較複雜，既愛才又妒才，既君子又小人，是個矛盾綜合體。他知道孔融有才，讓孔融到許昌做了將作大臣。將作大臣這個官職，相當於現在的部長級，就是主管工程、建設。
孔部長上任以來，幹得不錯，常常在朝廷的御前會議中，表達自己的真知灼見。曹操一直都很重視他。
可是，公元197年的時候，發生了一件事。這件事讓孔融給自己埋下了禍根。
這一年天下不太平，袁術大言不慚地在壽春稱帝，曹操很生氣，想滅袁術一時又滅不了，一腔怒火無處發洩，便遷怒於太尉楊彪。因為楊彪曾經和袁術聯姻。殺不了遠的，搞個近的。
曹操便誣陷楊彪，說他企圖廢黜天子，上奏書請求收捕下獄，判楊彪大逆不道之罪。
孔融聽說了這事兒，朝服都來不及穿，就跑到曹操跟前講道理。他對曹操說：「楊公有四代的清明大德，全國人民都欽佩。《周書》上說，父子兄弟，有罪都不能連及，怎麼能把袁術的罪歸於楊公呢?」
曹操這時正在氣頭上，你提什麼《周書》啊，這才華賣弄得忒不是時候了。可孔融的話又無懈可擊合情合理，意思很明確——如果你曹操這樣濫殺無辜，必定大失天下人心，以後誰還願意輔佐你呢?
可曹操還是不肯放過楊彪，他讓許昌令滿寵去審理楊彪的案子。孔融沒辦法，只得暗中活動，他請尚書令荀彧托付滿寵，說審理楊彪時，請只錄口供，不要拷打。
滿寵心頭有數，說是審理楊彪，結果一句也不問，上來就按照法令拷打楊彪。幾天後，滿寵告訴曹操，說這楊彪經過拷打，一個字也沒說，這個人在海內有名氣，如果不把他的罪過搞清楚，就不能服眾，就會失去民心，這對您非常不好。
曹操沒辦法，當天就把楊彪放了。
一開始，孔融和荀彧聽說滿寵拷打楊彪，還心生怨恨。這下才知道是滿寵的計策，為的就是讓曹操放了楊彪。
楊彪領教了曹操的厲害，如今漢室衰弱，政權都在曹家，惹不起躲得起，他謊稱雙腿筋肉萎縮，連續十幾年不能行走。最終逃離了曹操的魔掌。
而孔融不知趣，阻止了曹操加害楊彪，他反而有點得意忘形，常常以諷刺、挖苦的方式和曹操唱反調。在絕對權力的統治空間裡，擺不正自己的位置，時時處處恃才傲物，說怪話講酸話，是歷史上不少自命清高之士的嗜好。彷彿不這樣，就顯示不出自己有智商，就顯示不出自己卓爾不群。
諷刺挖苦倒在其次，否定重大決策更是對當權者的反叛和打擊。譬如曹操頒布了一條禁酒令，說酒會亡國，必須嚴禁。其實，曹操的本意是為了節約糧食，非要說這也是利國利民之策。可孔融不幹了，跳出來高談闊論，說自古以來，亡國的還有女人，怎麼不把女人一起禁了?曹操無言以對。
反對一回就算了，可孔融回回都反對，這就讓曹操極度惱火，記恨在心。
建安十三年(公元208年)，秋七月，曹操要發兵南攻荊州劉表。他知道孔融和劉備的關係一向親密。這傢伙平時就一貫唱反調，關鍵時難保他不會下爛藥。於是曹操決定，幹掉孔融。但孔融是一個名士，不能說殺就殺，一方面，曹操可不想背負濫殺無辜的罪名;另一方面，如滿寵所言，要服眾，不要失去民心。
那麼，妥當的方式就是謀殺。
謀殺的要領在於周密、嚴謹的部署和策劃。曹操精細盤算，認為給孔融羅織罪名最為妥當。這罪名還不能是一個，要多個。
於是，謀殺行動分為兩個步驟。
第一步：這年的八月二十四，曹操派光祿勳山陽人郗慮出任御史大夫。為什麼要讓郗慮做御史大夫呢?因為曹操很清楚，此人素與孔融不合。
第二步：郗慮一上任，曹操就馬上指使他搜羅孔融的過錯。郗慮既樂意又賣力，搞別人興致差點，搞孔融他來勁了啊。
很快，郗慮就搜羅到給孔融定罪的證據——孔融曾經揚言「有天下者，何必卯金刀」。卯金刀就是繁體的「劉」字。這就是謀反的論調。而且，從前孔融在北海的時候，看到王室不安寧，招集徒眾，要想圖謀不軌，後來和孫權的使臣談話時，又譭謗朝廷。
要說這罪名夠大了。可曹操認為，僅此一項罪名還不夠猛，命郗慮繼續秘密調查搜羅。
於是，郗慮又收集到孔融的兩大不孝的言論。
一個是不尊重先哲。孔融曾和禰衡互相吹噓，禰衡贊孔融，說你是「仲尼不死」;孔融則回贊禰衡，說你是「顏回復生」。倆哥兒們臉皮確實夠厚的。
另一個不尊孝道，鬧饑荒的時候，孔融對別人說，「如果父親不好，寧肯把東西讓給別人吃，讓父親餓死」;對於母親，孔融認為，母親和兒子沒有什麼愛，就像一件東西暫時寄放在瓦罐裡，倒出來後雙方就毫無關係了。
得，兩大罪名，不忠不孝。一個鼻孔流血，只是火旺，兩個鼻孔一起流血，你死定了。實際上，一條謀反言論就足以幹掉孔融了。為什麼曹操偏偏要兩項罪名呢?
這就是曹操的高明之處。
其一，漢朝是主張以孝道治理天下的。曹操的精明和奸詐就在於，以不孝為罪名強加於孔融，不僅除了心頭之患，而且表明自己遵循孝道，維護漢室。無論從政治角度，還是籠絡人心的角度，都讓自己獲得利益，可謂是一箭雙鵰。
其二，以不孝定孔融的罪，可以充分掩蓋謀殺動機。在不孝的後面，再加上一條謀反的「副罪」，孔融便更加罪有應得了。
其三，將不孝罪放在謀反罪前面，作為「主罪」，也顯示自己的大度，你孔融通敵劉備，也可以不殺你，你也可以去投奔他，我曹操愛才，絕不濫殺人才，但你不孝，就必須處死，屬於「揮淚斬」。
其四，以言論治罪，也給恃才傲物或者沽名釣譽者一個警示，不許妄自尊大，不許講怪話，講怪話、諷刺、挖苦絕不是活躍政治空氣，而是作亂。在專制的政權裡，你們應該是沉默的大多數，沒有人權，更沒有話語權。
其五，這兩大罪名，可證明孔融人品有問題。肉體殺掉，還消滅你的名譽，讓你永世不得翻身，讓陳壽寫《三國誌》也不敢給你立傳。這就叫踩死你，還踏上一萬腳。
因此，曹操在佈告上寫道：融違反天道，敗倫亂禮，雖肆市朝，猶恨其晚。
這個沒打紅鉤的佈告，充分表達出曹操的憤怒，「猶恨其晚」，殺你還殺晚了。
於是，此時已是太中大夫的孔融被處以死刑，不是祭旗，而是在街市上行刑，連同孔融的妻兒一起誅殺。
以前，京兆人脂習和孔融交好。脂習曾多次告誡孔融，不要過分剛直，長此下去，必定遭到禍害。這下，孔融真的死了，許昌沒有一個人敢去為他收屍。只有脂習去了，撫著孔融的屍體痛哭，說：「孔文舉捨棄我而死，我還怎麼能夠生存呢?」
曹操知道，立即下令搜捕脂習，本想殺掉他，後來又赦免了他。